Vergi uyuşmazlığında, idare ile mükellefin ya da sorumlunun karşı karşıya geldiği konular, genellikle verginin alınmak ya da ödenmemek istenilmesi veya daha az tutarda ödenmek istenilmesinden doğmaktadır. İdare, vergiyi almak, karşı taraf ise ödememek ya da daha az miktarda ödemek istemektedir. Bu aşamada tarafların önünde iki yol vardır. Bunlardan birincisi, uyuşmazlığı idari aşamada çözümlemek, diğeri ise “yargı yoluna başvurmaktır. Vergi Uyuşmazlıkları İdari Yollardan Hangi Hallerde Çözülebilir? Birincisinde, eğer ortada vergiye ilişkin hesaplarda ya da vergilendirmede yapılan hatalar yüzünden haksız yere fazla ya da eksik vergi istenmesi veya alınması durumu söz konusu ise, yapılan hata, düzeltme yoluyla giderilmeye çalışılmaktadır. Bunun dışındaki durumlarda ise mükellefler, ödemeleri istenilen vergi ve cezaları hiç değilse kısmen ödemeye yanaşarak uyuşmazlığı idari aşamada çözümlemeye çalışmaktadırlar. Bu aşamada, vergi uyuşmazlığını idari aşamada çözümleyebilmek için başvurulan yollardan biri “cezadan indirim”, diğeri de tarhiyat öncesi ya da tarhiyat sonrası “uzlaşma” uygulamasından yararlanmaktır. Bu arada, idare de almak istediği vergiyi kısmen dahi olsa, fazla uğraşmadan almış olmaktadır. Özetleyecek olursak , bunlar ‘’vergi hatalarının düzeltilmesi ‘’,cezalarda indirim, pişmanlık ve islah ,uzlaşma yoluyla çözülebilir. Ayrıca idari yollarla çözülemeyen durumlarda ayrıca vergi mahkemelerine dava konusu yapılabilir. Mükellef vergi idaresinin ihtilafa konu olan işlemini yine idareye başvurarak düzeltilmesini isteyebilir. Düzeltme başvurusunun yapıldığı tarihte, 30 günlük dava açma süresinin bitmiş olması durumunda ise, vergi mahkemesine dava açma imkanı artık kalmamaktadır. Ancak, böyle bir durumda, Maliye Bakanlığı’na şikayet yoluyla bir başvuru yapılması imkanı bulunmaktadır. Ancak idari işlemdeki hatanın mutlaka 116 ve 117. maddelerde tanımlanan hatalardan olması gerekir. 1-Vergi dairesine düzeltme talebi ile başvuru (zamanaşımı süresi içinde) 2-Düzeltme işleminin reddi yada red edildiğinin kabulü 3-Şikayet yoluyla Maliye Bakanlığı’na başvuru ( 60 gün içinde) 4-Vergi mahkemesine dava açılması (red edilmesinden yada red olarak kabulünden itibaren 30 gün içinde)