İç denetim biriminin gerçekleştirdiği iç kontrol sistemi denetimleri; işletmede bulunan iç kontrol sisteminin etkinliğini ve verimliliğini denetleme faaliyetlerini kapsamaktadır. İç denetçiler, değerlendirmeleri ve tavsiyeleriyle iç kontrol sisteminin etkinliğini sürekli denetimler yolu ile inceleyerek sistemin geliştirilmesinde ve verimliliğinin arttırılmasında yönetime destek sağlamaktadırlar.İç kontrol sisteminin denetim süreci 1. Denetlenecek firmanın iç kontrol sisteminin değerlendirilmesi, 2. Sayım ve mutabakatların yapılması 3. Çalışma dosyası ve çalışma kağıtlarının hazırlanması, 4. İç denetim faaliyetinin planlanması, 5. İç kontrol sisteminin tanınması ve değerlendirilmesi sonucunda elde edilen bulgulara göre kullanılacak denetim tekniklerinin belirlenerek, iç denetim programının hazırlanması 6. İç denetim programının uygulanması, İç kontrol denetimleri 7. Tespit edilen aksaklıkların yöneticilere bildirilmesi, 8. Denetim raporunun hazırlanması, tespit ve önerilerin belirlenmesidir