Başvuru sahibi girişimci ise: KOSGEB Müdürlüğü’ne müracaat ederek kullanıcı adı ve şifre alır, proje başvurusunu yapar. Projenin desteklenme kararı alındıktan sonra işletmesini kurar ve işletme olarak destek adımlarını takip eder. Başvuru sahibi işletme ise: KOSGEB’e kayıt olan işletme KOBİ Beyannamesini doldurarak KOSGEB Müdürlüğüne teslim eder. Bu aşamada işletmenin işlemlerini yürütmek üzere 1 KOBİ uzmanı atanır. İşletmenin beyannamesi onaylandıktan sonra işletme e-devlet şifresi ile girdiği KOBİ Bilgi Sistemi üzerinden Endüstriyel Uygulama Destek Programı başvurusu yapmak için projesini hazırlar. Proje hazırlanırken, işletme projede yapılacak harcamalara ilişkin detayları gösteren fiyat tekliflerini ve projede çalışması muhtemel kişilerin özgeçmişlerini de başvuruya ekler. İşletmenin işlemlerini yürütmek üzere atanan KOBİ Uzmanı tarafından proje incelenir ve uygun bulunması durumunda Değerlendirme Kurulu’na sevk edilir. Değerlendirme Kurulu toplantı tarihleri KOSGEB Müdürlüğü tarafından belirlenir. İşletme toplantıya davet edilerek projesini anlatır ve destek başvurusu kabul veya red edilebilir veya düzeltme istenebilir. Kurul tarafından desteklenmesi uygun bulunan gider kalemleri ve KDV hariç tutarlar Kurul Kararı ile işletmeye bildirilir. Kurul Kararının bildirilmesinin ardından işletme Ar-Ge İnovasyon ve Endüstriyel Uygulama Destek Programı Taahhütnamesini e-devlet şifresi ile girdiği KOBİ Bilgi Sistemi üzerinden onaylar.