Vergi uyuşmazlıklarının vergi mahkemelerinde dava yoluyla çözümlenmesi, vergi mahkemesi kararlarına karşı
kanun yollarına, özellikle Bölge idare mahkemesi ve Danıştay’a yapılacak temyiz başvurusuna, yürütmenin
durdurulmasına, vergi yargılamasında iddia ve savunmaların kanıtlanmasına ve kanıt türlerine, bilirkişilik ve
bilirkişi incelemesine kadar, özellikli bazı durumlar bulunmaktadır.
Vergi ihtilafları son yıllarda giderek artarak, idare ve mükellefler arasında önemli sorunlara neden
olabilmektedir. Vergi ve vergi cezası uyuşmazlıklarının çözümünü gün geçtikçe daha önemli hale gelmektedir.
Özellikle sahte fatura kullanımı ile ilgili düzenlenen vergi inceleme raporları, vergi tekniği raporları ve ayrıca
sahte ve muhteviyatı itibariyle yanıltıcı belge düzenleme konularında yaşanan ihtilaflardan ilgili şirketler ve
birçok vergi mükellefleri zarar görebilmektedirler.
Mükelleflerin vergi incelemesine tabi tutulması sonucunda düzenlen bu raporlara göre mükelleflere tebliğ
edilen vergi ye ceza ihbarnameleri yargıya taşınabilmektedir.
Kimi zamanda takdir komisyonu kararlarına veya tutanaklara, yoklama fişlerine dayalı olarak yapılan cezalı
tarhiyatlarda vergi yargısına konu edilebilmektedir.
213 Sayılı VUK 'un 377’ nci maddesinde ''Mükellefler ile kendilerine vergi cezası kesilenler, tarh edilen
vergilere ve kesilen cezalara karşı vergi mahkemesinde dava açabilirler " denilmektedir.
Ayrıca Vergi Usul Kanununun 378 inci maddesine göre vergi mahkemesinde dava açabilmek için; verginin
tarh edilmesi, cezanın kesilmesi, tadilat ve takdir komisyonu kararlarının tebliğ edilmiş olması, kesinti yoluyla
alınan vergilerde istihkak sahiplerine ödemenin yapılmış ve ödemeyi yapan tarafından verginin kesilmiş olması
gerekmektedir.
Takdir ve tadilat komisyonu kararlan tek başlarına dava konusu yapılmasa da bu kararlara istinaden salınan
vergiye ve kesilen cezaya karşı dava açılmaktadır. Mükellefler sadece kendi verdikleri beyannamelere karşı dava
açamamaktadırlar. Vergi davaların büyük bir oranı, ikmalen re'sen ya da idarece yapılan tarhiyatlara istinaden
düzenlenen vergi ceza ihbarnameleri oluşturmaktadır. Bunun dışında vergi dairesince özel esaslara alınması
halinde ve/veya özel esaslara alınacağına dair bir yazının tebliğ edilmesi halinde, ihtirazı kayıt konularak
verilen beyannamelere istinaden davalar açılabilmektedir. Ayrıca vergi hatalarının düzeltilmesi ve '' Şikayet
yolu ile müracaat" kapsamında açılan davalar da bulunmaktadır. Açılan davaların yoğun olduğu diğer bir idari
işlem ise; 6183 sayılı Kanunda yer alan hükümler çerçevesinde mükelleflere tebliğ edilen ödeme emirleridir.
Ayrıca aynı kanun uyarınca yapılan haciz, ihtiyati tahakkuk, ihtiyati haciz ve teminat istenmesine ilişkin
işlemlere de dava açılmaktadır. Öte yandan Anonim ve Limited şirket ortaklarının şirketten ayrıldıktan sonra
ileriki yıllarda ayrıldıkları şirketlerin ödenmeyen vergi borçlarından dolayı önemli problemlerle karşı karşıya
gelebilmektedirler.6183 Sayılı Amme Alacaklarının Tahsil Usulü hakkında yasa ve uygulama genel tebliğleri
doğrultusunda 3568 Sayılı Yasa'ya göre faaliyette bulunan Serbest Muhasebeci Mali Müşavir ve Yeminli Mali
Müşavirlere yönelik uygulamada sorumluluk ile ilgili uyuşmazlıklar yoğunluk kazanmaya başlamıştır.
Özellikle meslek mensuplarının uygulamada "İkincil Amme Borçluları" olarak maruz kaldıkları tebligatlar,
ödeme emirleri, vergi ve ceza ihbarnameleri ile ilgili sorunların çözümü için çalışmak gerekmektedir.
Gelir idaresinin uygulamaları zaman içerisinde vergi Yargısının hakemliğine taşınarak yargısal içtihatlar ortaya
çıkabilmektedir. İdarenin uygulamaları kendi içerisinde çözüme kavuşturulamadığı taktirde bu sorunlar
yargının hakemliği doğrultusunda çözümlenebilmektedir. Bu şekillerde yargının hakemliğine müracaat
edilmesi halinde mükellefler duruma göre açtıkları davalarda kimi zaman haklılıklarını yargı önünde kabul
ettirebilmekte, kimi zaman ise açtıkları davalar mahkeme tarafından reddedilebilmektedir. Vergi mahkemesi
kararlarına karşı üst yargı organı olma niteliğinde olan bölge idare mahkemesi veya Danıştay daireleri
mükelleflerin itiraz veya temyiz taleplerini denetlemektedir.